01
Assemblyofapan-genomefromdeepsequencingofhumansofAfricandescent
名非洲后裔深度测序后泛基因组的组装揭示该人群的独有基因组序列
研究者基于个非洲后裔个体的深度测序数据集,构建了一组DNA序列,这些序列存在于这些个体中,但不存在于人类参考基因组中。研究者将来自个个体的1.19万亿个测序reads与参考基因组(GRCh38)比对,收集了所有未能比对的reads,并将这些reads组装成连续序列(contigs)。然后,研究者将所有contigs相互比较,以鉴定一组参考基因组缺失的非洲泛基因组区域的独特序列。研究者的分析揭示了非洲后裔中存在总长度,,bp的,个不同contigs,表明非洲泛基因组含有比目前人类参考基因组多约10%的DNA。尽管这些序列的功能意义尚不清楚,但个新contigs处于个不同的蛋白质编码基因,其余的都是位于基因间的。
02
ROBO4variantspredisposeindividualstobicuspidaorticvalveandthoracicaorticaneurysm
ROBO4变异携带者易患二叶主动脉瓣和胸主动脉瘤
二叶主动脉瓣(BAV)是一种常见的先天性心脏缺陷(人群发病率1-2%),常见于升主动脉瘤患者(AscAA)。BAV/AscAA为常染色体显性遗传,表现为不完全外显和男性多见。致病基因突变(例如,NOTCH1,SMAD6)仅见于≤1%的非综合征BAV病例(伴有或不伴有AscAA),阻碍了该疾病机制研究和治疗策略的发展。本研究报道了ROBO4基因(编码已知有助于内皮细胞性能的因子)突变在两个家系中与疾病共分离。与对照相比,ROBO4的靶向测序显示BAV/AscAA先证者中罕见变异的富集。在内皮细胞系中靶向沉默ROBO4或破坏ROBO4表达可导致屏障功能和合成功能损伤,提示该基因参与内皮-间质转化。这与缺乏ROBO4的患者和动物模型中的BAV/AscAA相关表型发现一致。这些数据鉴定了这种常见人类疾病表型的新型内皮病因。
03
Trans-ethnicassociationstudyofbloodpressuredeterminantsinover,individuals
基于超过,人的多人群关联研究探究血压决定因素
在这项跨种族多学科研究中,我们重新解释了血压的遗传结构,以确定血压稳态相关的基因,组织,表型和药物。我们的研究纳入百万退伍老人计划(MVP)和合作研究中多达,名参与者,在基于收缩压,舒张压和脉压的全基因组关联研究中确定种血压相关SNP和53种罕见变异。我们的转录组范围内关联研究在45个组织中检测到可预测个基因表达的4,个血压关联,小鼠肾单细胞RNA测序鉴定了肾小管细胞中上调的血压基因。
04
Discoveryofthefirstgenome-widesignificantrisklociforattentiondeficit/hyperactivitydisorder
研究发现注意力缺陷/多动障碍的第一个全基因组显著风险基因座
注意力缺陷/多动障碍(ADHD)是一种高度遗传性的儿童行为障碍,约影响5%的儿童和2.5%的成人。常见遗传变异实质上对ADHD易感性有贡献,但没有发现与ADHD强烈相关的变异。本研究报告了基于20,名ADHD患者和35,名对照的全基因组关联荟萃分析,发现12个超过全基因组显著性的独立基因座,为ADHD潜在生物学病因提供了新的信息。这些关联集中在进化上受限的基因组区域,功能丧失的不耐受基因以及脑组织表达的调控基因。三项验证研究(一组被诊断患有ADHD的个体,自我报告的ADHD样本和人群中ADHD症状的定量测量荟萃分析)均支持上述发现,同时突出显示了遗传与教育程度重叠的研究特异性差异。基于ADAS症状的定量GWAS强烈支持ADHD的临床诊断是持续遗传性状的极端表达。
05
Discoveryof